Sous-traitance Qualiopi : comment sécuriser vos collaborations à Lyon et en Rhône-Alpes

En résumé : la sous-traitance Qualiopi exige que le donneur d’ordre (l’organisme certifié) s’assure que son sous-traitant respecte les indicateurs du référentiel national qualité, même si ce dernier n’est pas certifié lui-même. Le contrat de sous-traitance doit impérativement définir les missions, les modalités de suivi pédagogique et les obligations de reporting du prestataire. Enfin, la vigilance sociale via l’attestation URSSAF et la gestion de l’exonération de TVA sont des piliers indispensables pour éviter tout redressement fiscal ou social.

L’essentiel en 3 points

• Responsabilité du certifié : L’organisme de formation (OF) détenteur de la certification Qualiopi est légalement responsable de la qualité des prestations réalisées par ses sous-traitants. Il doit mettre en place un processus de sélection et de suivi rigoureux.
• Formalisme contractuel : La relation doit être encadrée par un contrat écrit précisant la mission, le respect du référentiel Qualiopi, et les documents à fournir (feuilles d’émargement, évaluations).
• Conformité fiscale et sociale : Le sous-traitant doit posséder un numéro de déclaration d’activité (NDA) pour facturer en franchise de TVA (sous réserve d’obtention de l’attestation d’exonération) et fournir ses attestations de vigilance URSSAF lors de la conclusion du contrat puis tous les 6 mois, pour tout contrat d’au moins 5 000 € HT.

Pourquoi la sous-traitance Qualiopi est-elle si encadrée ?

Depuis le 1er janvier 2022, la certification Qualiopi est devenue le sésame indispensable pour accéder aux fonds publics et mutualisés (OPCO, CPF, Région, France Travail). Pour un expert-comptable pour organisme de formation, l’enjeu majeur réside dans la chaîne de responsabilité. Le donneur d’ordre (le donneur d’ordre est l’entreprise qui confie une partie de sa production à une autre) ne peut pas simplement déléguer la formation et s’en désintéresser.

Le Référentiel National Qualité (RNQ) stipule clairement que lorsqu’un organisme fait appel à la sous-traitance, il doit s’assurer de la compétence du sous-traitant et du respect des critères Qualiopi. À Lyon et dans le département du Rhône, les contrôles de la DREETS (Direction régionale de l’économie, de l’emploi, du travail et des solidarités) se multiplient pour vérifier la réalité de ce suivi. Si votre sous-traitant commet une erreur pédagogique ou administrative, c’est votre certification qui est mise en péril lors de l’audit de surveillance.

La sous-traitance ne doit pas être une simple mise à disposition de personnel déguisée. Elle doit correspondre à une prestation de service définie par un résultat. Nous constatons souvent dans notre cabinet de Lyon que la confusion entre salarié et sous-traitant est la première source de litige avec l’URSSAF.

Quelles sont les obligations du donneur d’ordre certifié Qualiopi ?

L’indicateur 27 du référentiel Qualiopi est spécifiquement dédié à la sous-traitance ; à compter du 1er novembre 2026, il est renforcé et exige un contrat de sous-traitance écrit précisant la répartition des responsabilités (décret n° 2026-728). Il impose à l’organisme prestataire de s’assurer que ses sous-traitants respectent les exigences du référentiel. Cela implique une procédure de sélection documentée. Vous devez être en mesure de prouver à votre auditeur comment vous avez choisi votre formateur indépendant : CV, diplômes, références, ou encore vérification de son numéro de déclaration d’activité.

Ensuite, le suivi est permanent. Vous devez collecter auprès de votre sous-traitant tous les éléments de preuve nécessaires à la justification de la réalisation de l’action de formation. Cela inclut les feuilles d’émargement (documents attestant de la présence des stagiaires par demi-journée), les questionnaires de satisfaction à chaud et à froid, ainsi que les éventuels supports de cours utilisés.

Dans le cadre du pilotage de votre activité avec un tableau de bord, il est pertinent d’intégrer des indicateurs de performance spécifiques à vos sous-traitants. Cela vous permet de réagir rapidement en cas de baisse de qualité ou de non-conformité administrative, sécurisant ainsi votre chiffre d’affaires dépendant des financements publics.

Le contrat de sous-traitance : les clauses indispensables

Le contrat est la pierre angulaire de votre protection juridique. Il ne s’agit pas d’une simple convention de formation (la convention lie l’OF au client final), mais d’un contrat de prestation de services. À Lyon, nous accompagnons de nombreux dirigeants dans la rédaction de ces documents pour éviter les zones d’ombre.

Voici les éléments qui doivent impérativement figurer dans votre contrat :

1. L’objet précis de la mission : le titre de la formation, le programme et les objectifs pédagogiques.
2. Les modalités d’exécution : les dates, le lieu (présentiel ou distanciel) et la durée.
3. Les obligations Qualiopi : le sous-traitant s’engage expressément à respecter les indicateurs du RNQ fournis par le donneur d’ordre.
4. La propriété intellectuelle : à qui appartiennent les supports de cours ?
5. La clause de non-concurrence et de non-sollicitation : pour éviter que le sous-traitant ne démarche directement vos clients.
6. Le prix et les modalités de règlement : tarif journalier ou forfaitaire.

Le conseil Aurus : Ne vous contentez pas d’un contrat type téléchargé sur internet. Chaque collaboration est unique. Assurez-vous d’inclure une clause de résiliation immédiate en cas de perte du numéro de déclaration d’activité du sous-traitant ou de manquement grave aux exigences de qualité.

Fiscalité : la gestion de la TVA en sous-traitance formation

C’est un point de vigilance majeur lors de l’ optimisation fiscale de votre structure. Par principe, les prestations de formation professionnelle sont soumises à la TVA au taux normal de 20 %. Cependant, l’article 261-4-4° a du Code général des impôts prévoit une exonération spécifique.

Pour que le sous-traitant puisse facturer sans TVA, deux conditions cumulatives doivent être remplies :

• Le sous-traitant doit posséder son propre Numéro de Déclaration d’Activité (NDA) actif.
• Il doit avoir obtenu l’attestation d’exonération de TVA auprès de la DREETS de sa région (Auvergne-Rhône-Alpes pour nos clients locaux).

Si votre sous-traitant n’a pas cette attestation, il doit vous facturer la TVA à 20 %, que vous pourrez récupérer si vous-même y êtes assujetti. Attention : si vous êtes vous-même exonéré de TVA sur vos ventes, la TVA facturée par votre sous-traitant deviendra une charge non récupérable, augmentant votre coût de revient de 20 %.

Situation du sous-traitant	Facturation de la TVA	Impact pour le donneur d’ordre
Possède un NDA + Attestation d’exonération	Exonéré (0%)	Neutre, coût optimisé
Possède un NDA sans attestation	Soumis (20%)	TVA récupérable ou charge supplémentaire
Micro-entrepreneur (franchise en base)	Non soumis (franchise en base, art. 293 B du CGI)	Neutre jusqu’aux plafonds de CA
Pas de NDA	Soumis (20%)	Risque de requalification si activité régulière

Le risque de requalification en contrat de travail

Le recours à des formateurs indépendants (auto-entrepreneurs ou sociétés unipersonnelles) présente un risque de requalification en salariat par l’URSSAF. La requalification intervient lorsqu’un lien de subordination juridique (le lien de subordination est caractérisé par le pouvoir de donner des ordres, d’en contrôler l’exécution et de sanctionner les manquements) est établi.

Pour limiter ce risque lors de la création de votre entreprise de formation, veillez à respecter les critères d’indépendance :

• Absence de lien hiérarchique : Le sous-traitant doit rester libre dans l’organisation de son travail pédagogique, tout en respectant le programme convenu.
• Pluralité de clients : Un sous-traitant qui réalise 100 % de son chiffre d’affaires avec vous sur plusieurs années est une cible prioritaire pour les contrôleurs.
• Matériel propre : Le formateur doit, dans la mesure du possible, utiliser ses propres outils de travail (ordinateur, supports).
• Indépendance économique : Il doit fixer ses tarifs et ne pas être intégré à l’organigramme de votre entreprise.

À Saint-Étienne ou Lyon, les redressements URSSAF peuvent être lourds, incluant le paiement des cotisations sociales patronales et salariales sur toute la durée de la collaboration, ainsi que des pénalités pour travail dissimulé.

L’obligation de vigilance : l’attestation URSSAF

En tant que donneur d’ordre, vous avez une obligation de vigilance (article L8222-1 du Code du travail). Pour tout contrat d’un montant global au moins égal à 5 000 euros hors taxes sur l’année, vous devez vérifier, lors de sa conclusion, puis tous les six mois jusqu’à la fin de son exécution, que votre sous-traitant s’acquitte de ses obligations de déclaration et de paiement des cotisations sociales.

Vous devez exiger l’Attestation de Vigilance délivrée par l’URSSAF. Ce document doit être authentifié par vos soins sur le site officiel de l’URSSAF grâce au code de sécurité présent sur l’attestation. En cas de manquement à cette vérification, vous pourriez être tenu solidairement responsable du paiement des dettes sociales de votre sous-traitant.

Cette gestion administrative peut être chronophage. L’utilisation d’outils de gestion comme ceux proposés par un expert-comptable à Lyon permet de centraliser ces documents et de recevoir des alertes lors de leur expiration.

Les spécificités de la sous-traitance via le Compte Personnel de Formation (CPF)

Depuis le décret du 28 décembre 2023, les règles de sous-traitance pour les formations financées par le CPF se sont durcies. L’objectif du législateur est de lutter contre la fraude et le « portage » de certification Qualiopi injustifié.

Désormais, pour qu’un organisme puisse sous-traiter une prestation financée par le CPF :

1. Le donneur d’ordre doit être référencé sur Mon Compte Formation.
2. Le sous-traitant doit avoir déclaré son activité et détenir les mêmes certifications que le donneur d’ordre (Qualiopi, habilitations), quelle que soit la part de la prestation qu’il réalise ; seuls les micro-entrepreneurs sous le seuil du régime micro en sont dispensés, et la sous-traitance en cascade est interdite.
3. Le sous-traitant ne doit pas avoir fait l’objet d’une sanction de déréférencement.

Les sous-traitants relevant du régime micro-social, sous le seuil de chiffre d’affaires de l’article 50-0 du CGI, sont dispensés de Qualiopi et des certifications (art. R6333-6-3 du Code du travail). Nous recommandons une analyse fine de vos contrats de sous-traitance CPF pour éviter le blocage de vos paiements par la Caisse des Dépôts et Consignations.

Prenons l’exemple d’un organisme de formation lyonnais qui réalise un chiffre d’affaires de 200 000 € via le CPF. S’il sous-traite 150 000 € (75 % de son chiffre d’affaires CPF, sous le plafond de 80 %) à des intervenants non certifiés qui ne relèvent pas de la dispense micro-entrepreneur, il s’expose à un déréférencement pur et simple de la plateforme, stoppant immédiatement son activité.

Comment piloter efficacement vos sous-traitants ?

La gestion de la sous-traitance ne doit pas être subie. Elle doit faire partie intégrante de votre stratégie de développement. Pour maintenir une rentabilité optimale, vous devez analyser le coût de votre sous-traitance par rapport à la marge générée.

Voici une liste de bonnes pratiques pour un pilotage serein :

• Auditer vos sous-traitants : Réalisez une fois par an un mini-audit chez vos partenaires clés pour vérifier qu’ils maintiennent leurs standards de qualité.
• Digitaliser la collecte des preuves : Utilisez des solutions cloud pour que les formateurs déposent leurs émargements et évaluations en temps réel.
• Suivre les plafonds : Si vous travaillez avec des micro-entrepreneurs, surveillez leur franchissement de seuil de TVA pour ajuster vos tarifs ou vos contrats.
• Diversifier votre pool de formateurs : Ne dépendez pas d’un seul expert pour assurer vos formations.

En intégrant ces processus, vous valorisez votre entreprise. Une structure de formation qui maîtrise sa chaîne de sous-traitance et ses preuves Qualiopi est bien mieux valorisée lors d’une éventuelle cession ou lors d’une recherche de partenaires financiers.

Sources et mise à jour

Les informations présentées dans cet article se basent sur les dispositions légales et réglementaires en vigueur au moment de la rédaction.

Sources officielles consultées :

• Ministère du Travail et de l’Emploi (travail-emploi.gouv.fr) pour les référentiels Qualiopi.
• URSSAF (urssaf.fr) pour les obligations de vigilance et le lien de subordination.
• Service-Public.fr pour les modalités de déclaration d’activité.
• Code Général des Impôts (legifrance.gouv.fr) pour les règles de TVA.

Dernière mise à jour : octobre 2026. Les seuils et plafonds fiscaux sont susceptibles d’évoluer avec les lois de finances annuelles.

Conclusion

La sous-traitance Qualiopi est un levier de croissance puissant pour les organismes de formation à Lyon, à condition de maîtriser les risques contractuels, fiscaux et sociaux. La certification ne se limite pas à l’obtention d’un logo, elle impose une culture de la preuve et du contrôle permanent de ses partenaires.

Pour sécuriser votre activité et optimiser vos relations avec vos formateurs indépendants, un accompagnement spécialisé est indispensable. Nous vous invitons à solliciter un diagnostic gratuit avec nos experts du pôle formation pour faire le point sur votre conformité et vos processus de gestion.

Questions fréquentes

Un sous-traitant doit-il obligatoirement avoir la certification Qualiopi ?

Non, le sous-traitant n'a pas l'obligation d'être certifié Qualiopi si le donneur d'ordre l'est déjà, sauf dans le cas spécifique des prestations financées par le Compte Personnel de Formation (CPF). Pour le CPF, de nouvelles règles imposent souvent que le sous-traitant possède également la certification ou respecte des plafonds de chiffre d'affaires spécifiques. Dans tous les cas, le donneur d'ordre reste responsable de la qualité de la prestation fournie par son sous-traitant au regard du référentiel national qualité.

Comment facturer sans TVA en sous-traitance Qualiopi ?

Pour facturer sans TVA, le sous-traitant doit posséder un numéro de déclaration d'activité (NDA) et avoir déposé une demande d'exonération de TVA auprès de la DREETS (Direction régionale de l'économie, de l'emploi, du travail et des solidarités). Une fois l'attestation d'exonération obtenue, il peut facturer ses prestations de formation sans TVA en mentionnant l'article 261-4-4° a du Code général des impôts. Sans cette attestation, la TVA à 20 % s'applique par défaut, sauf pour les micro-entrepreneurs bénéficiant de la franchise en base.

Qu'est-ce que l'indicateur 27 de Qualiopi concernant la sous-traitance ?

L'indicateur 27 du Référentiel National Qualité (RNQ) exige que l'organisme de formation certifié valide les compétences de ses sous-traitants et s'assure du respect des critères Qualiopi tout au long de la prestation. Cela implique de formaliser une procédure de sélection (vérification des diplômes, CV, NDA) et de mettre en place des outils de suivi pédagogique et administratif (recueil des feuilles d'émargement, questionnaires de satisfaction, supports de cours) pour prouver la conformité lors de l'audit.

Quels sont les risques de la sous-traitance pour un organisme de formation ?

Les risques majeurs sont de trois ordres : 1. Qualiopi : la perte de certification en cas de défaut de suivi du sous-traitant. 2. Social : la requalification du contrat de prestation en contrat de travail par l'URSSAF si un lien de subordination est établi. 3. Fiscal : le redressement de TVA si les conditions d'exonération ne sont pas respectées. Il existe également un risque de solidarité financière si l'organisme ne vérifie pas les attestations de vigilance URSSAF de son prestataire tous les 6 mois.

Quelles clauses insérer dans un contrat de sous-traitance formation ?

Un contrat de sous-traitance robuste doit inclure la définition précise de la mission pédagogique, les obligations de reporting (transmission des documents Qualiopi), les modalités de rémunération, et les clauses de propriété intellectuelle sur les supports. Il est crucial d'ajouter une clause de conformité sociale (attestation de vigilance) et une clause d'indépendance pour limiter les risques de requalification en salariat. Une clause de non-sollicitation de clientèle est également recommandée pour protéger votre fonds de commerce à Lyon.

Pourquoi demander l'attestation de vigilance URSSAF à son sous-traitant ?

L'attestation de vigilance est obligatoire pour tout contrat de sous-traitance atteignant 5 000 € HT par an. Elle prouve que le sous-traitant est à jour de ses déclarations et du paiement de ses cotisations sociales. En tant que donneur d'ordre, si vous ne vérifiez pas ce document tous les six mois, vous vous exposez à la 'solidarité financière' : l'URSSAF peut vous réclamer le paiement des cotisations, pénalités et majorations dues par votre sous-traitant en cas de contrôle pour travail dissimulé.

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